Države, naučne institucije i istraživači aktivno koriste tehnologiju i inovacije u borbi protiv COVID-19.
Razvijeni su brojni alati otvorenog koda, a neki se još uvek testiraju kako bi pružili podršku naporima uloženim u suzbijanje posledica ovog opasnog virusa.
Postoji već niz dostupnih alata otvorenog koda koji pomažu istraživačima da bolje razumeju bolest, identifikuju njeno širenje, spreče dalju transmisiju i minimiziraju posledice i smrtne ishode. Mnogobrojni projekti su dostupni na Edukacionom Ekosistemu, gde možete pronaći detaljna uputstva o korišćenju raznih alata.
Ovaj tekst razmatra neke od alata i biblioteka otvorenog koda koji se primenjuju u praćenju, prevenciji, suzbijanju, dijagnostici i lečenju COVID-19.
Mapa praćenja COVID-19
U januaru, Centar za sistemske nauke i inženjerstvo JHU pokrenuo je Globalnu mapu praćenja COVID-19 koja je brzo postala globalno prepoznat i pouzdan izvor podataka o pandemiji u realnom vremenu.
Ova mapa je otvorenog koda i korišćena je za pokretanje istraživanja i vizualizacija od strane vodećih medijskih kuća, manjih organizacija i lokalnih vlasti.
DXY-COVID-19-Crawler
DXY-COVID-19-Crawler je jedan od prvih projekata otvorenog koda koji je razvijen kao odgovor na COVID-19, već u januaru.
Programeri su koristili podatke sa DXY.cn, veb stranice koju su kineski lekari koristili za prijavu i praćenje slučajeva. Napravili su web crawler koji je prikupljao podatke sa stranice i učinio ih dostupnima putem API-ja i baze podataka. Kod je dostupan na GitHub.
Otvoreni paket podataka
Otvoreni paket podataka (ODK) nije novi alat. Korišćen je i ranije, tokom izbijanja ebole u zapadnoj Africi 2004. godine, kao i tokom novijeg izbijanja u Demokratskoj Republici Kongo 2019. godine.
Uglavnom pomaže korisnicima da prikupljaju, upravljaju i koriste podatke za praćenje kontakata, strateško mapiranje, podršku u donošenju odluka, senzibilizaciju zajednice i upravljanje slučajevima.
ODK zajednica je dodatno unapredila njegovu upotrebu kao odgovor na COVID-19 tako što je stavila na raspolaganje obrazac za prijavu unutar svojih primena. Obrazac je dizajniran u skladu sa protokolom Svetske zdravstvene organizacije za istraživanje slučajeva, praćenje kontakata i istražne procese.
Vodeći programeri takođe nude besplatnu podršku za svaku organizaciju koja je primenila ODK kao odgovor na COVID-19.
Nextstrain
Nextstrain prati evoluciju patogena. Prethodno je korišćen za utvrđivanje istorije bolesti unutar porodica, što omogućava predviđanje njenog toka.
Uspešno je korišćen i u ranijim epidemijama, poput ebole. Putem genetskih podataka iz Globalne inicijative za deljenje svih podataka o gripu (GISAID), Nextstrain se koristi i u borbi protiv COVID-19.
DHIS2
Verovatno ste već čuli za DHIS2. To je najveći svetski sistem upravljanja zdravstvenim informacijama. Koristi se u više od 70 zemalja. Kao deo odgovora na COVID-19, DHIS2 je objavio digitalni paket podataka koji ubrzava otkrivanje infekcije, izveštavanje, nadzor i lečenje bolesti.
DHIS2 digitalni paket podataka koristi standardne metapodatke koji su usklađeni sa protokolom SZO o definiciji i nadzoru slučajeva COVID-19 kako bi se omogućilo brzo raspoređivanje i reagovanje.
Pikobar Zapadna Java
Indonežanski informativni i koordinacioni centar za bolesti i katastrofe je centar za reagovanje na krizne situacije formiran radi ublažavanja i odgovora na COVID-19 u provinciji Zapadna Java u Indoneziji.
Jabar Digital Service je, kao deo odgovora, razvio veb alat i aplikaciju otvorenog koda koji korisnicima omogućava pristup najnovijim podacima o COVID-19.
OpenMRS
OpenMRS je sistem nege pacijenata koji se koristi u mnogim zemljama u razvoju širom sveta. Zahvaljujući fleksibilnosti OpenMRS sistema, zemlje kojima su zdravstveni resursi opterećeni mogu ga koristiti za nadzor, skrining i lečenje COVID-19.
Sistem im može pomoći da prošire svoje kapacitete tako što će im omogućiti pristup naučno zasnovanim informacijama o suzbijanju krize.
OpenLMIS
OpenLMIS projekat koristi pristup usmeren na zajednicu za razvoj otvorenog koda i prilagodljivog informacionog sistema za upravljanje logistikom. Sistem OpenLMIS nastoji da poboljša tačnost podataka, poveća odgovornost, unapredi blagovremenost podataka i njihovu vidljivost.
Sistem OpenLMIS nastoji da unapredi zdravstvene lance snabdevanja, inventar medicinskih resursa kako bi dao jasnu sliku o dostupnim medicinskim zalihama, uključujući komplete za testiranje i ličnu zaštitnu opremu (PPE). Ovaj alat se može efikasno primeniti kao podrška donosiocima odluka u raspodeli resursa kao odgovor na COVID-19.
Healthsites
Globalni projekat mapiranja zdravstvenih lokacija je projekat koji ima za cilj da mapira svaku zdravstvenu ustanovu na svetu i učini detalje o svakoj bolnici lako dostupnim. Podaci o zdravstvenim ustanovama su dostupni putem API-ja.
Saradnjom sa korisnicima, healthsites.io tim beleži i potvrđuje lokaciju i kontakt podatke svake zdravstvene ustanove i čini podatke slobodno dostupnima putem licence za otvorene podatke.
SORMAS
SORMAS (Sistem za upravljanje i analizu odgovora na epidemiju nadzora) je mobilni sistem e-zdravstva otvorenog koda. Raspoređen je da sprovodi kontrolu bolesti, kao i procedure upravljanja epidemijom.
Efikasno je primenjen u nekoliko zemalja, uključujući Ganu, Nigeriju, Nepal i Fidži, za nadzor i rano otkrivanje COVID-19.
SORMAS je besplatan sistem otvorenog koda koji prati standarde zaštite podataka.
Tokio COVID-19
Za razliku od mnogih drugih gradova i vlada, Metropolitanska vlada Tokija je razvila veb lokaciju otvorenog koda koja informiše svoje stanovnike o COVID-19. Pošto je sajt otvorenog koda, na njemu je učestvovalo preko 200 korisnika. Još tri grada, Čiba, Nagano i Fukuoka, su ponovo kreirala ovu veb stranicu.
OpenELIS
Svrha OpenELIS zdravstvenog sistema je unapređenje zdravstvene zaštite pružanjem progresivnog, na standardima zasnovanog sistema upravljanja laboratorijskim informacijama koji mogu da koriste različite zdravstvene inicijative za poboljšanje opcija lečenja.
Epidemija COVID-19 predstavlja globalni izazov praćenja kontakata i masovnog testiranja sumnjivih slučajeva. Sistem OpenELIS može efikasno da se primeni u borbi protiv COVID-19 kako bi se olakšalo praćenje laboratorijskih testova i rezultata.
Priručnik za zdravlje zajednice je zbirka alata otvorenog koda, kao i resursa otvorenog pristupa koji ciljaju na izradu i primenu digitalnih alata za upotrebu u zdravstvenim inicijativama zajednice u područjima do kojih je teško doći.
Zajednica programera Community Health Toolkit-a se mobilisala da razvije alate i resurse koji imaju za cilj da podrže zdravstvene radnike u zajednici u borbi protiv COVID-19.
CHIME
Model uticaja COVID-19 na bolnicu za epidemije (CHIME) je aplikacija otvorenog koda koju su razvili naučnici za podatke na Penn Medicine – Univerzitetu u Pensilvaniji. To je online alatka koja omogućava bolnicama da predvide uticaj virusa na zdravstvene resurse.
Razvijen je korišćenjem Pythona i zavisnosti otvorenog koda Pandas.
Mapa COVID Care
Mapa COVID Care pomaže u mapiranju postojećih zdravstvenih resursa i u predviđanju nedostataka u bolničkim krevetima, respiratorima, medicinskoj opremi i osoblju. Sve metode, alati za obradu podataka, vizualizacije i izvorni kod su besplatni i otvorenog koda.
Projekat COVID Care Map nastoji da predvidi i deluje kako bi pozvao na podršku za efikasnu negu za brzo rastući broj infekcija COVID-19 i onih kojima je potrebna intenzivna nega.
Locale.ai
Locale.ai je razvio interaktivnu vizualizaciju otvorenog koda svih potvrđenih slučajeva COVID-19 širom sveta. Koristi skup podataka otvorenog koda sa Univerziteta Džon Hopkins.
Locale.ai je razvio Veb stranicu za vizualizaciju COVID-19 koristeći Vue.js, popularan okvir koji omogućava programerima da kreiraju moderne veb aplikacije.
COVID-19 širom sveta
Ova aplikacija koristi vizualizaciju mape za praćenje širenja COVID-19, potvrđenih slučajeva i razvoja bolesti širom sveta. Koristi podatke iz John Hopkins CSSE.
Praćenje korona virusa
Ovo je sjajna aplikacija koju je razvio Džon Koen. Prati širenje COVID-19 koristeći podatke Džona Hopkinsa, DXY podatke i Veikina. Aplikacija prikazuje broj sumnjivih, potvrđenih i oporavljenih slučajeva po vremenu i regionu. Kod je dostupan na GitHub.
Globalni slučajevi COVID-19
Globalni slučajevi COVID-19 je Shiny aplikacija koju je razvio Kristof Šenenberger i koja prikazuje razvoj COVID-19 na mapi, grafikonima, tabelama sažetaka i brojkama. Njegov kod je dostupan na GitHub-u.
Vlade i COVID-19
Ovo je Shiny aplikacija koju je razvio Sebastijan Engel-Vulf. On mapira eksponencijalni rast COVID-19, dane za udvostručenje infekcija, potvrđene slučajeve, stopu smrtnosti i broj potvrđenih slučajeva na 100.000 ljudi u različitim regionima. Kod je dostupan na GitHub-u.
Zaključak
Zajednica otvorenog koda je brzo i efikasno reagovala na pandemiju COVID-19. Mnogi projekti su izgrađeni i nastavljaju da se grade za borbu protiv širenja bolesti. Ovaj članak opisuje neke od tih projekata. Još uvek postoji neizvesnost o tome kako će bolest napredovati u narednim nedeljama. Više projekata koji mogu da iskoriste postojeće tehnologije otvorenog koda naći će mesto u borbi protiv ove opasne bolesti.
Čuvajte se!
Članak dr. Michael J. Garbade, CEO, Education Ecosystem