Da li razmišljate o kreiranju kladograma, a niste sigurni odakle početi? Predstavljamo vam nekoliko alata koji vam mogu biti od velike pomoći.
Još u osnovnoj školi, kroz časove biologije, naučili smo da smo svi na neki način povezani, od toga da su majmuni preci ljudi, do toga da smo deo lanca ishrane.
Kladogram, ili filogenetsko stablo, vizuelno prikazuje odnose između organizama bazirane na sekvencama DNK, fizičkim karakteristikama i fenotipovima. To je, u suštini, evoluciono stablo koje omogućava klasifikaciju grupa (klada) na osnovu sličnih osobina, evolutivnih putanja i adaptacija. Najverovatnija hipoteza se bira na osnovu poređenja i crtanja kladograma.
Linije na kladogramu pokazuju evolutivni pravac i vezu klada sa drugim precima ili grupama organizama. Te linije nas vode od početne do završne klade, koja predstavlja hipotetičke pretke.
Organizme možemo razvrstati na osnovu molekularnih i morfoloških karakteristika, a kod životinja se u obzir uzimaju i podaci o ponašanju. Algoritmi za generisanje kladograma se koriste za optimizaciju na osnovu ulaznih podataka. Cilj je rešiti problem globalnog minimuma, a simulirani pristup žarenja se preferira da bi se došlo do optimalnog rešenja.
Sada, kada smo razjasnili šta su kladogrami, predstavljamo listu alata koje možete koristiti za njihovo kreiranje.
Creately
Vizualizujte odnose između vrsta uz pomoć Creately alata za izradu kladograma. Creately vam pomaže da efikasno identifikujete i prikažete filogenetske odnose. To je odličan način da predstavite razne biološke vrste, a nudi sledeće karakteristike:
- Izvoz u PDF, SVG i PNG formatima za štampanje i deljenje
- Brojne šablone za filogenetske i kladogramske dijagrame
- Jednostavna vizualizacija odnosa na platnu
Creately poseduje bogate biblioteke oblika, uključujući dihotomne ključeve, mreže ishrane, filogenetska stabla i druge šablone za grupisanje organizama. Alat omogućava jednostavno prevlačenje i ispuštanje za kreiranje odnosa, uz napredno formatiranje teksta i podesive teme boja.
Takođe, Creately nudi prevlačenje i ispuštanje slika životinja, kao i dinamičke konektore za lako proširivanje, rotiranje i promenu veličine dijagrama. Napravite interaktivne kladograme sa ugrađenim Google slikama, centralizujte istraživačke podatke na beskrajnom platnu, koristite univerzalnu pretragu teksta i druge alate.
Lako sarađujte sa drugima pomoću kursora u realnom vremenu, odeljka za komentare i video konferencija.
Insight Maker
Insight Maker je alat za kreiranje modela direktno u vašem veb pregledaču. Pomoću njega lako možete kreirati jednostavne dijagrame i bogate vizualizacije, kao i simulacije za bilo koji zahtev. Omogućava vam brzo modeliranje interakcije populacija i definisanje ponašanja agenata.
Insight Maker je jednostavan za korišćenje:
- Pokrenite alat u veb pregledaču, bez potrebe za dodatnim dodacima ili preuzimanjima
- Postavite svoje ideje na platno i kreirajte simulacione modele, bogate vizualizacije i saznanja
- Koristite simulacione algoritme za modeliranje bazirano na agentima i sistemsku dinamiku
- Sarađujte sa timom i dozvolite im da dele svoje ideje i doprinose dizajnu
- Kreirajte modele besplatno i iskoristite moć kreativnosti
Pored toga, korisnici mogu dobiti uvid u kladograme drugih korisnika, što im može pomoći u pronalaženju najboljeg rešenja.
Guilford
Koristite SimpleClade sa Guilford za idealnu kladističku analizu. Ovaj alat nudi grafički korisnički interfejs za jednostavan rad, posebno u okviru paleontologije. Jednostavan je za korišćenje – instalirajte softver i odmah počnite sa radom.
Korisnici mogu kreirati svoje CSV datoteke sa podacima i početi generisanje klada. Proces rada uključuje diferencirajuću vrednost koju je lako naučiti. Kladu možete označiti kao „NEKORIŠĆENO“ i uneti vrednost drugih klada.
Korisnici mogu započeti sa programskim operacijama, izabrati čvorove koji objašnjavaju njihov upit, po potrebi promeniti veze, izračunati statistiku štedljivosti, povezati horizontalno korensko stablo za spoljnu grupu i videti promenu stanja osobina.
IUBio
IUBio je još jedan popularan alat za izradu kladograma, evrograma, svoopograma, curvograma, fenograma i dijagrama stabala. Jednostavan je za korišćenje – učitajte datoteku stabla (ili nalepite URL), navedite naslov i pošaljite detalje.
Korisnici takođe mogu izabrati dodatne opcije u IUBio-u za željeni rezultat, kao što je osnovni URL za oznake, stil, font, veličinu itd. Takođe, mogu birati između različitih rasporeda stabla i pozicija čvorova.
Ovaj online alat podržava rad sa različitim bazama podataka kao što su Arthropods, DroSpeGe, enGenes, vFleaBase i mnoge druge. Pruža javni pristup korisnicima iz bioinformatike i molekularne biologije. IUBio uključuje genom drozofile, analizu sekvenci, konverzije bioloških sekvenci i editore za različite potrebe.
Zaključak
Alati za izradu kladograma omogućavaju prikaz evolutivnih linija sa granama i brojem genetskih promena za supstitucije nukleotida. Takođe je lako predstaviti podgrupe na osnovu procenta promena u nizu.
Kada koristite kladogram, bitno je održavati strukturu stabla fokusirajući se na grane i čvorove (unutrašnje i spoljašnje čvorove – listove i vrhove). Dijagram takođe može uključivati molekularni sat za određivanje zajedničkih predaka.
Započnite sa korišćenjem alata za izradu kladograma da biste dobili željene rezultate.